Здесь я немного опишу как запускать к примеру Doom с какими либо модами или Heretic.

Для начала качаем лаунчер с Zdoom wiki. После того как скачали и запустили появляется окошко лаунчера:

External Files: Здесь через Add или перетаскиванием мода\уровня на это поле добавляется мод или уровень
Source Port: Тут выбирается порт для запуска (gzdoom, zandronum, prboom и т.д.)
IWAD: Здесь выбирается основная игра (doom, heretic, hexen и т.п.)

Настройка
Переходим на вкладку Settings и видим следующее:

Что здесь полезного -
Source Port/Engines: В этом поле мы добавляем exe нужных нам портов через кнопку Add.
IWADs: здесь добавляются основные Iwad'ы игр (смотреть тут)
Close on launch - лаунчер закрывается когда запускаешь какую-либо игру с модом или уровнями.
'''Show files paths in list'' - показывает полные пути в поле Pwad'ов.
Save/load PWAD list automatically - Сохраняет и загружает PWAD в лаунчере, порт и iWad когда zdl закрывается.

Как сохранять список модов\уровней в Zdl для разных игр
Для примера использовать brutal doom и wrath of cronos. Вот для brutal doom я в zdl сделал так:

Теперь сохраняем конфиг нажимая внизу ZDL и Save .zdl или комбинацию Ctrl + S и называем к примеру brutal doom.
Теперь очищаем список и добавляем нужное для wrath of cronos, я сделал так:

и сохраняем аналогично брутал думу. Теперь чтобы поиграть в брутал дум или wrath of cronos достаточно загрузить конфиг .zdl через комбинацию Ctrl + O и выбрав сохраненный *.zdl файл.
Вот собственно и все.

...Но можно к примеру пойти дальше и сделать так чтобы запускать *.zdl файл как exe. Для этого находим любой сохраненный *.zdl файл и щелкаем по нему правой кнопкой мыши и выбираем в меню Открыть с помощью > Выбрать программу... и указываем где лежит Zdl.exe